В 2176 году успешная предпринимательница­ Джиен Гарсон основала международный проект «Инициатива Андромеда», целью которого стала колонизация Элея в галактике Андромеды, где ранее исследователи обнаружили множество пригодных для жизни планет. Перед Инициативой возникла серьёзная, а кто-то может сказать даже непосильная, задача - подготовить для ста тысяч колонистов путешествие, от которого будет зависеть судьба не только человеческой цивилизации, но и каждого вида в Млечном Пути. Семь Золотых миров, обозначенных как Жилища,  задумывались стать новым домом для будущих поколений колонистов, и спустя 9 лет, в 2185 году, в сторону Андромеды  отправился головной корабль проекта «Нексус», с представителями нескольких рас на борту. Следом за «Нексусом» через некоторое время, примерно  в конце 2185 года, улетели четыре колониальных суда: «Гиперион» с людьми, «Левсиния» с азари, «Натанус» с турианцами и «Паарчеро» с саларианцами. Пятый же, «Кила Си'ях», ковчег кварианцев, с дреллами, ханара, элкорами, волусами и батарианцами на борту, задержался из-за технических сложностей, но тем не менее, успешно направился следом за остальными.  На каждый из ковчегов назначили командира — «Первопроходец», в задачу которого входит исследовать планеты и устраивать пригодные для жизни той или иной расы условия. Спустя 634 года ковчеги прибыли в Андромеду.
Инициатива стала для многих людей (и не только) новой надеждой. Надеждой на лучшую жизнь, на новый старт, на грандиозные открытия и великие приключения. Когда на ковчеге людей  «Гиперионе» пробудилась от криостаза команда Первопроходца Алека Райдера, никто не ожидал того, что корабль отклонился от курса и потерял контакт с «Нексусом». Едва пассажиры смогли оправиться от анабиоза, «Гиперион» столкнулся с облаком нестабильной тёмной энергии, которое растянулось на всё скопление Элея. В результате небольшой аварии в крио-отсеке повредилась капсула Скотта Райдера и врачам пришлось ввести его в медикаментозную кому, чтобы не вызвать серьёзных осложнений со здоровьем. На борту ковчега людей всё ещё остаётся 20 тысяч живых людей, которые не могут проснуться из-за возникших поломок, и над жизнями колонистов нависает серьёзная угроза - без поддержки «Нексуса»  «Гиперион» не сможет поддерживать их в стабильном состоянии.
Дальнее сканирование скопления Элея из Млечного Пути не могло предсказать подобных проблем и Первопроходцу Райдеру не оставалось ничего, кроме как снарядить разведывательную экспедицию на близлежащую планету. В ходе экспедиции было обнаружено, что под воздействием радиации, излучаемой неизвестным облаком, золотой мир людей оказался непригоден для жизни. Также выясняется, что планета уже колонизирована новой расой (позже обозначенной как кетты), и представители её крайне агрессивно настроены. Алек Райдер одновременно с этим обнаруживает на планете мегалитические строения другой малоизученной расы и приводит один из таких механизмов в действие, что запускает процесс терраформирования на планете.
Никто не ожидал, что для многих людей это путешествие станет путешествием в один конец, где даже самая маленькая ошибка может обернуться катастрофой. Экспедиция на Жилище-7 обернулась именно так. Первопроходец Алек Райдер погиб из-за непредвиденных обстоятельств, вызванных включением инопланетного монолита, но тем самым спас жизнь своей дочери - Сары Райдер, которая и была назначена уже новым Первопроходцем людей. 
После «Гиперион» во главе со Сарой воссоединяется с «Нексусом» и становится известно, Джиен Гарсон мертва, «Нексус» безвольно дрейфует в космосе и его обитатели больше года воюют между собой за ресурсы, а все ковчеги считаются пропавшими без вести. «Нексусу» нужен аванпост, поставляющий ресурсы, но единственная планета в пределах досягаемости – Эос. Сара Райдер с командой отправляется в следующую экспедицию.  С полученными знаниями, опытом  на Жилище-7, и помощью СЭМа, ей удаётся сделать невозможное: найти способ сделать Эос обитаемой и помочь Инициативе закрепиться в системе.
В ходе дальнейших исследований планет Первопроходец установил контакт с  с местной расой — ангара. Ангара находятся в нескончаемой борьбе с кеттами, поэтому жителям Млечного Пути не составило большого труда наладить  с  ними партнёрские отношения. Ангара разрешили, в обмен на взаимную помощь, установить ещё один аванпост на Воелде.
Пытаясь помешать подозрительной деятельности кеттов, Райдер обнаруживает таинственный и хорошо спрятанный от глаз посторонних объект «Меридиан», с помощью которого можно управлять всеми строениями древней расы Реликтов в Андромеде. Миссия Инициативы это огромный шаг в всеобщей истории, и он отразится не только на одних людях, а потому жизненно необходимо разыскать оставшиеся ковчеги и защитить Меридиан от враждебной расы фанатиков.